Com a inclusão da área temática III, "Ecossistemas aquáticos: onde começa o mar?", o Congresso Ibérico chama a atenção sobre a necessidade de proteger o meio marinho, mediante a proteção das águas fluviais. Isto é, as águas dos rios devem chegar com boa qualidade ao mar.

Este objetivo mereceu uma consideração positiva por parte do Secretário de Estado do Mar, Prof. Doutor Manuel Pinto de Abreu, que já confirmou a sua participação no evento.